内容前景：在阿笠博士的建议下，我和灰原跟着博士来到了熊本县，为的是参加博士的一位好友-圆谷明的作品发布会，并且参观了‘天国之都’的高层建筑，结识了圆谷明和博士的另一位相好-山崎恋夜先生。但是没想到组织的爪牙也潜伏在其中，琴酒和我的偶遇，以及后来的苦艾酒；在我发现组织在大楼安装了定时炸弹后并在疏散群众的途中，田园宫志也出现了。所有关于黑暗组织的秘密，那份文件以及与灰原的密切关系，aptx-4869的成分程序、还有我-工藤新一的身份曝光的危机即将爆发！迷雾与爱情，真假案件都迷惑不了的心灵，看透其中的奥秘的是一个外表看似小孩，智慧却过于常人的名侦探-柯南！！
（上篇-销声匿迹的角色）
“田、田园宫志…”灰原惊住了，只见楼梯口的田园宫志慢慢朝灰原这边走了过来，说：“好久不见，组织代号为‘雪 莉’的…宫野志保。没想到琴酒他们还没将你从这个世界上抹掉啊。”“为、为什么会在这儿？”灰原吞吐吐吐地挪动着嘴唇，“呵呵！你说呢。”田园宫志说道：“组织的交锋点目标就是我手中的文件，但是由于某些原因我不得不挺身走险来到这里。”灰原转移话题，说：“你怎么可能逃离组织的！基安蒂（英文名字：chianti；别名：香缇。组织成员之一的职业狙击手）和科恩（英文名字：korn。组织成员之一的职业狙击手）不是将你和你父亲拘禁在了黑屋的吗？”田园宫志笑着说：“看来工藤还没告诉你实情啊。呵呵，没有错，的确我们被严加看守和拘禁等候组织的惩罚，但是组织却只关押了我一个人并没有抓住我的父亲，所以就在无奈之下，便效仿了你-雪莉，也服用了那种名为aptx-4869的毒药。”灰原听了惊讶不已，问道：“那么那封文件的内容是……？”“哦不，这可不能告诉你喔！雪莉。”田园宫志轻轻摇头说：“这次的重点不是这个。没时间陪你了，咱们再会吧！”说完消失在了人群中。
“灰原！”发觉到灰原的失踪后的柯南向灰原奔来，说：“你在发什么呆啊？炸弹就快要在某个地方被引爆了！”说着便拉着灰原的手跑出大楼。“工、工藤…”灰原喃喃问道：“组织……会不会已经发现咱们了？”柯南回过头看着灰原，说：“应该不会吧！”说着向脑后看了去，自言自语说：“一定是他！田园宫志！”灰原说：“我累了。不想再这么仓促地躲藏……”“你……”柯南深情地看着灰原妥协的面孔，拍着她的肩膀，说：“嘿！在说些什么鬼话！现在琴酒还没有注意到你。再说了，光彦、元太、步美他们都还在等着我们回去呢！”灰原猛的忐忑了一下，喃喃说：“光彦…？呵呵，那群小孩子而已。工藤，你想过没有，万一暴露了不仅是你我，也许就连博士、还有你的兰以及你身边的人都会遭到迫害！”柯南想了想，微笑着说：“走一步算一步嘛！”灰原说：“万一他们发现了你就是工藤新一的话……”“不可能。”柯南拉着灰原的手继续跑着，心想：“要说组织的话，知道我身份的人恐怕只有她了…贝尔摩德（英文名字：berumotto。组织成员首脑之一。组织代号：苦艾酒<vermouth>。真实身份：美国女星-莎朗·温亚德，英文名字：sharon vineyard；同时也是 克里斯·温亚德，英文名字：chris vineyard）。”柯南不禁回忆起当时的场景：
当日。赤井秀一轻松地打断了 卡尔瓦多斯（英文名字：calvados。组织成员之一的职业狙击手） 的双腿，缴下了他所有的枪后再出来对付苦艾酒（即 贝尔摩德），果然贝尔摩德也是强人一个！看到赤井秀一身后的贝尔摩德似乎乱了方寸，贝尔摩德立刻想开枪击杀赤井秀一，赤井秀一果然身手不凡，抢先一步用喷子（霰弹枪）轰中了身穿防弹衣的贝尔摩德，受了重伤的贝尔摩德抱起昏睡的柯南做人质，逃离了现场。接着赤井秀一惊讶地发现，原本以为已经被缴光了武器无法动弹的 卡尔瓦多斯 居然不知从哪里又摸出了一把枪自尽了。最后fbi（中文翻译：联邦调查局；全称：federal bureau of investigation。是美国司法部的主要调查机关）还是白忙了一场，一个重要的嫌疑犯也没有抓到。而逃跑了的贝尔摩德在自己早就准备好了的汽车里与和黑衣组织的最终boss通完电话后才发现，柯南的身上安装了心脏电波监视器、信号发射器和录音机，早已醒转过来的柯南此时告诉贝尔摩德，说：“如果我被杀心跳一停的话，那么刚才你给那个boss打电话的录音还有boss手机的邮箱地址统统都会被信号发射器传送到在附近接应的阿笠博士那里，那时候警方就可以根据邮箱地址来找到boss的住所。我想你并不想这种事发生的吧，那么就必须带我去见boss，来做个最后的了断！”贝尔摩德假意服输说：“算你狠，小子。我认输，并停止对雪莉的追杀计划。”却突然间暗中放出了催眠瓦斯，贝尔摩德告诉柯南，说：“这就是赌博-如果在瓦斯释放后，工藤新一你先醒的话，自然可以叫警察来抓我，甚至可以根据电话内容去抓boss；可如果是我先醒呢？你就得赔上自己的命了。”贝尔摩德用了以前琴酒也使用过的方法，开枪打伤了自己以保持时刻清醒，在柯南被瓦斯气体所昏迷时拿取了柯南费尽心机弄到了的电话录音后离开了。最后，贝尔摩德给琴酒打电话，说：“你在哪儿？快来接我。”正在自己的黑色保时捷上听了伏特加关于 化妆派对（tv版第345集）上整个事件来龙去脉的报告后的琴酒，拿着电话，说：“等等，我马上赶到。”就在琴酒即将挂断电话时，贝尔摩德说道：“你认不认识一个叫工藤新一的小鬼？”“什么！”琴酒莫名其妙地问，贝尔摩德说：“就是那个在日本很出名的侦探。你想想曾经与你接触过的人，不能想起那个家伙吗？”琴酒想了想，说：“不知道。哼！我杀了那么多人，怎么可能将他们的名字都记住呢。怎么了？”贝尔摩德听了迟疑了很久，在难言的逼供和左右为难的思索后，说：“没什么……，算了。”说完挂断了电话，静静地看着桌上的那张在纽约拍照的关于工藤新一的照片和灰原哀的几张照片，喃喃着：“工藤新一。追杀雪莉我是不会再执行了，这算是我们之间的约定吧。”
柯南和灰原跑到了一楼的大厅门外。“新一！”博士着急地前来迎接，说：“小哀没事吧？”柯南小声对博士说：“博士，以后不要再在公共场合叫我‘工藤新一’了。”博士猛地一想，说：“会不会他们也在这附近？”柯南回答：“我担心的就是这个。在我还没有将组织完全击溃的话，我是绝不会向外公布工藤新一的身份的！！”“嘿！阿笠博士，快躲进来！”远处的圆谷明大喊着，3人纷纷走到圆谷明的位置，博士说：“圆谷老弟啊，怎么这么着急啊？”山崎恋夜一副紧张地样子，喃喃说：“刚刚接到报道，说炸弹的确切位置已经找到了。唉~可惜了我的tf储存卡啊。”柯南问：“储存卡？”山崎恋夜说：“其实早在两天前，一个自称是美国联邦调查局的男人来找过我，说让我在软件上添加游戏指纹<自动储存>的程序和<自动扫描特定身份>程序，还说<自动扫描特定身份>程序的扫描对象设定为代号-‘乌鸦军团’，我呢，就按照那人的要求设定了程序，并且以防万一还备份在了储存卡上。但是，由于刚才情况太紧急了，无意遗漏了放在我办公室的储存卡。”柯南激动极了，大喊：“什么？我马上去！”说完火速飞奔大楼。
“错不了的，就是他！联邦调查员，fbi成员的-赤井秀一。”柯南边跑边想自言自语：“为什么他要让山崎先生制作那样的软件？‘乌鸦军团’？真搞不懂……”
废旧楼层上。“伏特加，开始吧。”琴酒说，伏特加立刻按住遥控器按钮，却被苦艾酒拦住说：“别忙，他还没来。”琴酒不耐烦地抽着烟，说：“我可不想浪费时间！伏特加，汇报大楼那边的情况。”伏特加拿着望远镜看了看对面的大厦，人群散乱无章的，路边聚满了参观的人群，伏特加说：“大哥，好像有人发现了被安装的炸弹。”琴酒拍了拍身上的灰尘，吐开烟头，说：“哼！那颗炸弹已经毫无意义了。”苦艾酒夺过伏特加手中的望远镜，看了看对面，说：“看样子的确如此噢。呵呵，琴酒，你办事不利索啊！”琴酒笑着说：“既然如此，那么……”伏特加顿时引爆了炸弹。
（中篇-生死一瞬间）
顿时，‘嘣’的一声震动，霎那间似山崩地裂，大地狠地抖动了几下，‘滋滋’的玻璃破碎的声音伴随着石灰粉末破墙而出，慢慢地，一团大火从窗户拽了出来，黑色的浓烟漫天飞舞；几秒种后，几声爆炸连声响起，墙壁的碎石直坠下地，偶尔电线发出的电光火石紧接着发生再次的爆炸。巨响的声波穿过人们的耳膜，一声声尖锐的爆炸刺激着人们的大脑。是几层楼瞬间电力短路，底层昏暗混沌……
很快，受到影响的警视厅赶往了过来，并封锁了现场。“新一~！”阿笠博士心焦地呐喊着，试图想要冲出人群，却被警员拦了下来，说：“先生，这里已被警方封锁为危险地带，请远离。”阿笠博士气冲斗牛地喊着：“你知不知道？！里面还有个孩子啊！！让我进去！”“怎么了？”一个身影走进人群，人们的目光转移到了这里，博士看见那个人，高兴地说：“原来是由美小姐。”“宫本局长！”一旁的警员立刻敬礼道，宫本由美（英文名字：miyamoto yumi。警视厅交通课警察）走到众人面前，说：“阿笠博士，你怎么在这儿？发生了什么？”博士说：“我亲戚家的孩子还在大楼里！”宫本由美听了喃喃：“难道是那个人？”说着拿起随身携带的对讲机，说：“这里是熊本县人吉市的主城大道，我是警视厅交通科的宫本由美，情况紧急，特向上级申请调动直升机特级部队支援！over！”说完放下对讲机。这时，灰原悄悄跟博士说：“博士，我实在不放心江户川，我先进去了。”说完跑向了大楼。
被炸毁的楼层里。“咳咳！”柯南掀开石块发出咳嗽的呛声，不甘心地喃喃：“可恶！就差那么一点！炸弹就不会被引爆了。”柯南望着飘着浓烟的窗户，顿时产生了疑问：“好像有什么不对劲啊，这颗定时炸弹怎么可能威力只有普通炸药的威力呢？我在走廊上碰到了琴酒和伏特加，这么说炸弹很有可能就是他们安置的！但是，如果是琴酒，怎么可能仅仅是炸毁这一层楼呢？不像是组织的作风啊。到底是什么，还是说疏漏了什么线索？”“你命真大啊。”身后传来一个声音。
柯南转身一看，是灰原，说：“灰原，你来了！”“呵，你还真有心思啊。”灰原笑着：“没想到万能的高中生侦探也有失手的时候啊。”柯南皱紧眉头喃喃说：“就差一点！我百思不得其解的是为什么这颗炸弹……”灰原捡起地上的炸弹碎片残骸，喃喃说：“r-bl。这是组织执行任务时惯用的特定炸药。”柯南问：“灰原你怎么知道？”灰原闭着眼睛，笑了笑，说：“呵呵，‘我怎么知道’？我为什么不知道呢！这种炸弹的制作者就是 -宫野厚司（英文名字：miyano atsushi。日本科学家以及黑衣组织内部科学家。成就：研究aptx-4869、使人死后复活的神秘药物‘银色子弹’等高危实验）。”“宫野厚司？”柯南喃喃，灰原说：“宫野厚司，就是他。”说着说着，灰原的情绪开始变得气愤起来了：“宫野厚司，我的父亲！原组织的一名科学家。但是、但是他却被组织的元老……最后在一场实验中和我的母亲-宫野·艾莲娜（英文名字：elena miyano。英国科学家即组织内部科学家。成就：与丈夫-宫野厚司一起参与aptx-4869的研究、使人死后复活的神秘药物‘银色子弹’等高危实验）‘意外身亡’！”说着，灰原不禁掉下眼泪，渐渐开始啜泣。
柯南拍着灰原的肩膀，说：“别说了，灰原……走吧。”说完带着灰原离开了大楼。
废旧楼层上。“琴酒啊，似乎你的作为没有造成什么影响嘛！”拿着望远镜的苦艾酒笑着说，琴酒瞅了瞅楼下的场面，拿出打火机并叼着烟，说：“哼，怎么可能！那可是我的雪莉她老丈人制作的炸药啊，一定是什么人做了手脚。”“大哥。”伏特加提醒说：“咱们在大楼时好像有碰到什么特殊人吧。”琴酒望着夜空，想了想，喃喃说：“难道是……那个小子？！”不禁回忆起了那时的场景：
琴酒和伏特加在安装完炸药后，在离开大楼的途中。“大哥，这里人多眼杂，走电梯比较合适。”伏特加说，于是二人改变了方向，朝前方的电梯口走了过去，突然，琴酒被一个东西撞了似的，琴酒生气地喃喃：“是谁啊，想死么！！”抬头一看，那个无意撞到了琴酒的小孩早已跑了。琴酒二人继续走着。
“啊~！原来如此啊。”琴酒恍然大悟，说：“那家伙，原来早就出现了啊！宫志那小子。”伏特加问：“难道那时的小孩就是……那个家伙吗？”琴酒挪了挪帽子，坚定不移地笑着说：“没错了，就是他！原来猎物早就潜伏在哪里了。”说完，琴酒举起狙击枪，架在房顶上，右眼看着狙击镜片，对着对面那栋大楼，而且，似乎他发现了什么。
奔跑中的柯南，似乎看见了什么，一个红点忽隐忽现，柯南察觉到那时红外线，柯南四处寻找着红外线的源头，“到底在哪儿？！”柯南左顾右盼着，忽然，那道红光再次出现，照射在一个褐色短发的妇女背上。柯南惊起，猛的扑向那个妇女，大喊：“宫野！趴下。”那个妇女转身看见迎面而来的柯南，显得有些吃惊，柯南看见那人的面目，才知道自己认错人了。回到灰原身边，灰原问：“哎，我不是在这儿吗？你瞎叫什么？”柯南思考着：“刚才那个人长得太像灰原了。等等！宫野志保……”柯南看见红点直照在妇女胸前，柯南大声吼道：“趴下！！！”说着，连忙扑倒妇女，‘哔u’一声，一颗子弹刺破窗户的玻璃，从柯南的左肩擦皮而过，顿时血液绽到柯南的脸上，柯南捂着伤口，看着窗户的对面，打开 追踪眼镜 的远视功能，看见一把狙击枪正对准着大楼，持枪者，竟然是琴酒！！
琴酒换发子弹后，看了看目标，喃喃：“呵呵，雪 莉 啊，真是太美了，真不知道你有没有血流成河呢……！呵呵。”接着，琴酒给抢装上了消音管，喃喃说：“下边有警察，那咱们就来个静音模式吧！雪莉~。”
（下篇-似曾相识）
灰原被眼前的一切吓得目瞪口呆，不禁口中喃喃：“g……？工藤，怎么回事？”柯南看着对面的狙击手，连忙回答：“哦，是这样的。那颗子弹是琴酒开枪射过来的，我想他该不会是把这位妇女错看作你了吧！”灰原看了看那个盘坐在地上的心神未安的妇女，顿时呆住了，那个人跟宫野志保实在太像了。“不好！”柯南打叫了一声：“阿姨！快跑！”另一方面，琴酒慢慢扣动抢板，在消音管的抵制作用下，子弹无声却致命般脱颖而出，柯南眼看就要来不及了，连忙用 手表型麻醉枪 手疾眼快之势将麻醉剂发射出去，这才稍微改变了子弹原本的轨道，化险为夷。琴酒看了有些吃惊，调整了狙击镜片的功率，才发现目标不是那个女人，喃喃说：“真是的。”这时警方的举动吸引了废旧楼层上的3人的注意力，宫本由美申请调动的直升机特级部队已经来到现场正盘旋在大楼的上空，地面上的宫本由美和阿笠博士几人急忙跑进已被灭掉大火的大楼，却看见两个模糊地影子正朝他们走来，“不用了，博士。”一个声音传了出来，博士用手电筒照了照，是柯南和灰原。
“这次行动告一段落了。”苦艾酒说道：“既然雪莉不在这儿，那么你还要执着什么呢？”琴酒放下狙击枪，点燃了一根烟，说：“哼，白忙一场！？怎么会…”琴酒话说一半，电话就响了起来，琴酒接了电话，用手倚靠在破旧的墙壁上，说：“我是琴酒，怎么？”电话传来声音，说：“好久不见啊，知道雪莉吗？我猜你应该比较感兴趣吧！”琴酒使劲捶了一拳墙壁，换了一种口气，说：“呵呵，你调查得真彻底啊！好。你在哪儿？我们以后再联系会合。”说完，琴酒挂断了电话，苦艾酒擦着自己的指甲油，说：“应该是那个人吧，-波本（英文名字：bourbon；惯用名字：安室透，英文名字：amuro toru；真实姓名：降谷零，英文名字：tooru amuro。餐厅服务生、私立侦探、日本公安警察卧底同时也是组织成员之一
）。”琴酒吸了口烟，说：“呵呵，就是他。那就这样了，田园宫志就交给你了，伏特加，咱们先撤！”“是，大哥！”琴酒两人离开了废旧楼层，驾驶着黑色保时捷离开了大楼。站在顶楼的苦艾酒，喃喃着：“那么，接下来……就该我出场了。”说完苦艾酒那这装备悠哉悠哉地走了出去。
人群中的柯南，似乎看到了谁-一个戴着口罩身穿白色西服、褐色头发但却戴着鸭帽的男人，似乎他发现了柯南，便急忙转身走开，柯南趁别人不注意时悄悄跟了去。走到了一个黑屋子。男人停住了脚步，柯南喃喃说：“没错吧，新出智明（英文名字：tomoaki araide。职业：医生、篮球社教练），新出医生。”男人转过身来，说：“小弟弟，你在说什么啊。”柯南斜笑着说：“不用再隐藏了，我想那个我不知道是不是 赤井秀一 的自称是fbi的人，但是他应该是你叫来的吧。”男人愣住了，摘下口罩，一副和蔼的面孔的男子-新出智明说：“呵呵，不愧是帝丹高中的名侦探啊。”柯南顿时哑口无言，喃喃说：“他应该不知道我的身份吧！怎么……？”“怎么了？感到惊讶了吧。”新出智明说：“我可是受警方委托前来救援伤员的啊，但是在途中你的举动让我十分注意啊，工藤新一。”“可恶！”柯南无计可施地站在那里，突然恍然大悟似的，微笑的说：“差点忘了，我想那颗r-bl是你做了手脚吧。”“呃……”新出智明有些惊讶，问：“凭什么这么说呢？我可没有那个能力啊。”柯南说：“ok，你已经暴露了。你说你没有能力，但我却认为这是互相矛盾的病句！的确新出医生可能不晓得r-bl，所以说你的面具该摘了吧-贝尔摩德，也就是代号-苦 艾 酒。”新出智明猛得愣了一下，掩饰说：“呵呵，小鬼你到底在说什么啊？我可是听不懂哎。”柯南推理说：“这颗炸弹在爆炸前就被人做了手脚，所以才没有造成额外的爆炸威力。但是这个做手脚人其实一早就出现在安装炸弹的附近，我猜测当时我急忙之中看到的那个‘田园宫志’也是你易容假扮的吧，因为我发现你带着的那顶帽子上一点指甲油之类的化妆品，就在帽子的侧方，证据就是-你头上的那顶鸭帽！”新出智明一边摘下帽子一边撕开面具和手套，仔细看了看帽子，却没有看见什么指甲油之类的涂料，撕开面具后，苦艾酒的面貌显露出来，说：“小鬼，好像你的推理有误吧。”柯南斜笑着说：“不，你看看自己左手上的指甲。”苦艾酒看了看左手，发现中指姆上的指甲油比其他拇指显得浅淡，才明白说：“原来如此，帽子上的指甲油就是这个啊，却在我在对炸弹进行做手脚时不小心给抹掉了啊。是吧，大侦探。”柯南举起 手表型麻醉枪，说：“你还有什么可说的，贝尔摩德！”苦艾酒笑着散弄了几下头发，无意中拿出一把手枪，笑着说：“你说呢？！大侦探。”
两人就此对峙在这件黑屋子里。
下集预告：贝尔摩德和柯南的正面交锋，组织的‘猎物’-田园宫志再度现身。在圆谷明的作品发布会上，奇迹般地出现了杀人案件，凶手竟然毫无动静地进行完美杀人计划；发布会上每个人都值得怀疑，仿佛最角落里的男人也不例外，他的身份会是谁呢？下集《柯南》-《与黑暗组织的再会*第三弹·最终交涉之章》为首部的特别篇埋下伏笔的暗藏秘密……
