内容前景：式冲梁身份已经确认就是黑暗组织的逃亡者-田园宫志，我觉察到组织的踪迹，便联合了fbi；另一方面，操控组织成员行动的神秘人竟然是在演唱会幸存的琴酒；田园宫志，他的命运将会如何……微风拂晓绿叶的叶尖，春之脚步慢慢袭来。黑暗组织剿灭田园宫志的总行动终于拉开序幕，隐藏在内部的泄露者、琴酒归来的号召，fbi茱蒂老师和赤井秀一恋爱的回忆！唯一看透了真相的是一个外表看似小孩，智慧却过于常人的名侦探-柯南！！
（上篇-漆黑的抹杀者）
“不对，至少他还知道些什么。我不能就这么让他死了！”奔跑着的柯南喃喃着。只见直升机朝着反方向盘旋着，直升机的灯光很是刺眼。
直升机上。“呵呵呵！鸡尾酒那小子总算是要完结了。”基安蒂笑着，基尔说：“8分06秒，还差8分钟，琴酒的车子还差8分钟到达杯户中央医院。”科恩说：“那个小子是谁？”“谁？！”基安蒂连忙夺过科恩手中的望远镜，看见医院内一个男孩在跑着，基安蒂不安地说：“难道那小鬼知道了我们的动机？等等，似乎他在哪儿见过。”科恩举起来福枪，已经锁定了柯南，说：“有必要开枪么？干掉那个小子。”基尔斜视着杯户医院，说：“没有必要。”基安蒂说：“喂，你好像对那个小鬼特别偏袒哎，为什么，基尔，难道这个小鬼你认识？”基尔否认道：“你可真愚昧，基安蒂，别忘了，琴酒交代的监视鸡尾酒，要是因为随意开枪杀掉眼前的小孩而暴露了，导致人物失败，这个罪名我可担当不起。呵呵，所以还是不要插手比较好。”科恩说：“等等，一个人，一个女人。呃~…苦艾酒？！”从来福枪的镜片上看见一个引发女人引着一个小男孩进入狙击范围。
科恩瞅了瞅，喃喃着：“苦艾酒。鸡尾酒来了。就等琴酒了。”‘嘀嘀’，电话响了，基安蒂拿出手机，接了，说：“琴酒，是我。目标出现，需要狙击么？我可是热血沸腾啊。”电话传来琴酒的声音：“很好，苦艾酒的任务完成了，你们一定要打掉田园宫志的脑袋！呵呵~”说完，琴酒中断了通讯。基安蒂收起了手机，举起了来福枪，斜笑着说：“终于来临了，我的手指都痒得不行了！呵呵，科恩，我打头。”科恩说：“可是，我想打头。”基安蒂不爽了，说：“好吧，我打背。呵呵，倒计时~10、9、8……”
医院楼梯。苦艾酒和田园宫志走到了狙击范围，突然被叫住：“站住！”苦艾酒转过头来，看见柯南气喘吁吁地站在身后，苦艾酒笑了，说：“cool kid，又是你，快离开吧，这件事不是你能左右的。”柯南说：“贝尔摩德，收手吧！fbi已经做好迎接你们组织的措施了。”“fbi？！”苦艾酒惊讶道：“呵呵~可真及时啊，ok，既然如此…”说着，苦艾酒从手腕处拿出一把手枪，指着柯南，柯南斜笑着，说：“茱蒂老师已经在来的路上了，你认为这次的任务还有胜利的可能么？”
“你还在等什么，苦艾酒！还不快带田园宫志进入基安蒂和科恩的狙击点。”苦艾酒的对讲机传来琴酒的声音，保时捷已经到了杯户中央医院，停在了医院200英里的酒楼下。苦艾酒笑着说：“好了，做决定的时刻到来。”说完便收起了手枪，继续朝前走着。
“5、4、3……”基安蒂的倒计时仍在继续。
“可恶！”柯南迎面冲了过去，苦艾酒一手抓住了柯南，并弄昏了。“不好意思，这次不能让你在撒野了。”苦艾酒喃喃着：“银色子弹，你就好好看着吧。”说完，继续走着。
直升机上。“来了！来了！”科恩兴奋道，“3、2、1！”基安蒂连忙锁定了田园宫志，一旁的基尔犹豫着……
200英里处的保时捷。车内的琴酒聚精会神地看着眼前的视频显示器，喃喃着：“呵呵~田园胜谷，我说过你的决定会让你后悔的！你在天之灵就看这吧，你儿子的下场！就是这样，基安蒂~”于是琴酒拿起对讲机，说：“基尔，将直升机降低一点，我要看得更清楚，田园宫志死的样子~呵呵。”
收到指示的基尔，将直升机慢慢降低了高度。果然，琴酒的显示器的效果更清晰了。
‘嗒嗒嗒……’急促的脚步声回荡在走廊里，是茱蒂，茱蒂看着窗外的直升机，不安地喃喃着：“果然，柯南说得不错，他们来了！詹姆斯，准备好了么！”
杯户医院顶楼。詹姆斯拿着夜视镜望着盘旋在大楼的直升机，左手拿着遥控器，说：“卡迈尔，目标现身，地点，西南方约200英里的酒楼，保时捷就在那里。”“收到！”20楼处的卡迈尔正拿着狙击枪朝着西南方200英里处瞄准着。“呵呵，出现了-保时捷~”卡迈尔喃喃着：“赤井先生，这些家伙就让我来代替你消灭吧！”
“这些家伙就让我代替你消灭吧！”琴酒的身边传来轻微的声响，便转身看着后座，连忙翻着翻着车内的纸箱，突然，琴酒恍然大悟，眼神凝视着杯户医院，说：“原来如此，呵呵~苦艾酒身上安装的摄像器还有传音功能啊，呵呵，fbi。”说着，琴酒插入车钥匙，驾驶着保时捷瞬间从酒楼的地下车库开了去。
“什么！保时捷不见了？！”卡迈尔惊讶道，连忙对着对讲机说：“詹姆斯，目标消失！”顶楼的詹姆斯转移了方向，看着酒楼方向，说：“嗯，保时捷消失了。b计划。”于是，卡迈尔转移了隐蔽位置，朝着电梯去了。
“嘣！”一发子弹从窗外致命迎来，随着玻璃的破碎声，子弹一发击中了田园宫志的太阳穴！
“嘣！”柯南听见枪声，便从昏迷中苏醒过来，看见了田园宫志慢慢倒地……苦艾酒也悄悄退隐。
“yes！”基安蒂激动地叫着：“目标击中！科恩，干得好！”科恩收起来福枪，笑着。基尔一副闷闷不乐，哀叹着。‘嚓~’一声刺耳的刹车声，保时捷穿过地下车库，来到医院正门前。“嘣！”，只见田园宫志右脑破碎喷血，倒地不起，琴酒看着显示器，嘴角倾斜着。琴酒对着对讲机说：“任务结束，准备撤离！”说完，中断了通讯。
“任务结束，准备撤离！”对讲机传来琴酒的声音，于是，基尔改变了直升机的轨迹，慢慢上升高度。保时捷也发动引擎，渐渐退隐着。“嘣！”一声，车窗的破碎打破了一切的安宁，琴酒看着破碎的车窗外，隐约一个黑影注视着自己，“fbi么~哼！”琴酒喃喃着，保时捷慢慢从医院消失。
直升机随后离开了。
（中篇-女名侦探的归来）
“柯南！”茱蒂终于来到楼梯，看见柯南跑着田园宫志。“喂！醒醒，你还没告诉我组织的信息呢！aptx4869到底真正的奥秘！田园宫志！小志！”柯南呐喊着，“咳咳~”轻微传来咳嗽，田园宫志稍微动了动，终于，完全动弹不得，死了。“冲梁~！！”柯南大喊着，整个医院回荡着呐喊的震动。
几分钟后，詹姆斯、卡迈尔也来了。“可恶，又让他们逃了！”茱蒂不忍感叹道，卡迈尔说：“虽然击中了保时捷，不过看样子他们并无大碍。”詹姆斯哑口无言，望着窗外的夜晚，喃喃着：“要是他在的话，这种事绝不会发生的。赤井~”
次日。帝丹小学。“喂，柯南，昨天你不会还在茱蒂老师那里吧？”光彦看着柯南，说：“案件解决了么？”柯南没有回答，一脸的沉默，步美见谅，问：“柯南，怎么了？脸色好难看啊。发生了什么？”元太走了过来，说：“是啊，怎么闷闷不乐的，出了什么事吗？”‘叮铃铃~’上课铃响了，同学们纷纷坐回了自己的座位。
“他还是被干掉了。”坐在柯南旁边的灰原喃喃说，柯南说：“呃。被狙击掉的。可恶！要是我能再阻止贝尔摩德一下的话，他就不会被……都怪我！”灰原说：“已经注定了的，田园宫志，‘鸡尾酒’的命运。这样，也许组织就会放弃了吧，以后说不定就不会再见到他们了，一切变得正常了。”“不，我一定会击溃组织的，亲手！”“笨蛋你难道还没明白吗！”灰原严肃道：“你想沦落到他们一样吗？姐姐、我的父母、爱尔兰、诸星大、鸡尾酒！以及~死去的‘雪莉’！他们都是为了反抗组织而遭到毒害的！这些都是在警告，不要再追查下去了！你听明白了吗！”说着，灰原拍着课桌，站了起来，全班注视着灰原。
灰原看了看，若无其事地坐了下来，轻声道：“总之，收手吧。”“我怎么能收手？爱尔兰、田园宫志…他们的死我会替他们报仇的！而且，我身体变小都是因为那个组织，为了自己，为了身边的人、为了小兰，我是不会停手的！灰原，也是为了你呀~黑暗组织，直到完全击垮我是不会停手的！好了，专心上课吧。”
“大家安静！”站在讲台上的班导师说：“式冲梁同学由于父母的安排，已经转学到美国了，所以我特地转告了你们，大家不要太伤心啊。”“什么！冲梁同学离开了？”步美有些意外，不仅如此，元太、光彦也同感。“原来，他早就做好觉悟了。”
下午。“我回来了！”柯南推开事务所的们大喊道，小兰说：“放学了，柯南。”“嗯，小兰姐姐，叔叔呢？”柯南问，小兰回答：“爸爸说和朋友一起聚会去了。”
“小鬼头回来了？！”卧室传来另一个人的声音，柯南问：“小兰姐，家里有客人吗？”小兰微笑着点着头，突然，一双手蒙住了柯南的双眼，眼前一片漆黑，只听见讽刺的嘲笑：“还是跟以前一样，conan。”“你是……”柯南喃喃着，转过头一看-世良真纯。
小兰说：“刚好，世良同学今天从截拳道社回来，柯南你一定很高兴吧？”柯南惊讶地看着世良，喃喃说：“世良…姐~姐、姐姐？！你，怎么~”世良说：“用不着这么惊讶嘛，说明上天都在同情咱俩的缘分呐！对吧，柯南~”柯南傻笑着。
‘咚咚咚’，传来敲门声，门外传来声音：“小兰！在吗？是我-园子。”小兰立即走到门槛，打开了门，邀请说：“园子来得正好！世良同学回来了！我们今天好好庆祝一下吧！”园子歪着脑袋看着小兰身后的世良真纯，说：“哎~真的哎，世良~来了，哟！小鬼头也回来了。大叔呢？”“我爸呀，和朋友在一起了，家里就我们几个。”小兰回答。
‘嘀嘀’的手机铃声，柯南放下书包，拿出手机，屏幕显示着‘步美’，于是便接着电话慢慢走出事务所。
楼下。“怎么了？”柯南说，电话传来说：“柯南，冲梁同学真的，真的转学了么？好可惜哦~茱蒂老师准备的party。”柯南顿时脸色紧绷，低语着：“式冲梁~，噢，步美，这样吧，你和元太他们先过去茱蒂老师那边吧，我现在去通知灰原，待会儿见！”说完，柯南挂断了。
“步美，柯南说什么？”元太看着步美，问。步美说：“柯南去博士家了，叫我们先走，一会儿就赶上。”光彦说：“什么嘛，柯南这家伙！每次都单独行动，没有团队精神！算了，我们走吧。”于是，三人离开了。
（下篇-aptx-4869&宫野厚司）
奔跑着的柯南，心想着：“等等，刚刚似乎想起了什么，到底是什么！冲梁~冲梁~！小志！田园宫志。对了，鸡尾酒！那本记事本的档案！”柯南跑向了山本一次郎的公寓。
公寓。柯南进入山本一次郎的书房，山本说：“小弟弟，有什么事吗？”柯南说：“上次我的同伴在这里掉了什么东西，我是过来寻找的。对不起，打扰你了。”于是，柯南开始在书房搜寻。“叔叔，上次找到的那本记事本还在吗？”柯南问，山本想了想，恍然大悟：“想起来了！我这就拿给你。”几分钟后，柯南接过山本手中的记事本，看了看。
“aptx……”翻着书的柯南喃喃着：“这里肯定记录了那个神秘文件的下落！到底……”柯南问：“叔叔，谢谢了！”说完，便急冲冲地跑了出去。
路上。柯南回想着：“记事本淡淡记录了上次看到的内容，不过aptx……难道说。”柯南想起了几天前式冲梁说过的话-那封‘情书’。于是，柯南跑向了帝丹小学的鞋柜处。
鞋柜处。终于，找到了式冲梁的鞋柜，柯南欣慰地说着：“果然在这里。田园宫志接近少年侦探团就是为了暗地调查灰原和我，也就是aptx-4869的服用者的信息，或许，aptx-4869真的有解药也说不定。”柯南拿出鞋柜内的一本黑色书籍。写着《aptx and the black organization(英语：aptx4869&黑暗组织)》，翻开第一页，只留有‘never open the door pandora(英语：绝不能打开的潘多拉大门)’的蓝紫色字迹。这时，柯南的侦探徽章发出声音，是灰原。
接通后，灰原说：“你在哪儿？手机关机我只好用徽章和你联络。”柯南仰着头说：“我在学校，马上赶往博士家，别走，等我，我有事要告诉你。”说完，柯南拿出太阳能滑板，冲出校门，直奔阿笠博士家。
米花镇二号街22号的住宅。柯南走进房间，看见灰原散漫地坐在沙发上，悠闲地喝着咖啡，柯南气喘吁吁地说：“灰原！aptx-4869！那个药~”灰原愣住了，放下手中的杯子，问：“你在说什么？我听不清。”柯南坐了下来，说：“那个药。”灰原顿时变得冷淡了，低语着：“30年前将居住房屋借给儿时玩伴-出岛壮平作为事务所，自己到了支持其研究的资助者成立的大型研究所中工作，其实是为黑衣组织工作；之后与留学日本的英国人，我的母亲-艾莲娜结婚，母亲婚后随父亲姓改名为宫野艾莲娜；在组织中与妻子一起研究‘幻般的让死人复活的神秘药物’—‘银色子弹(silver bullet)’；与黑衣组织的元老-皮斯克(枡山宪三)关系很好，而且父亲还告诉了皮斯克关于药物的研究情况；因我的双亲都是组织成员，作为他们的女儿的我和我的姐姐也被迫加入组织；在我出生不久，父母便神秘死亡，或许没死，不过作为宫野厚司的女儿且担任大学科学家的我，继承了父亲的研究项目-aptx4869。呵呵，很搞笑吧~既然作为组织的医院的鸡尾酒-田园胜谷知道有关aptx4869的消息，表明我的父亲曾经告诉过他，可能这个鸡尾酒和他的儿子-田园宫志知道就连我都不知晓的aptx4869的秘密，也就是说，除了我的爸爸，这个世界上只有田园宫志了，不过很遗憾，他也相继死在了组织的魔手中。”
“宫野厚司~”柯南喃喃着：“灰原，那么你的父母就真的没有告诉你关于那个药的详细资料吗？”灰原否认。柯南只好愁眉苦脸。看着手中的黑色书籍。
悄悄的，窗外刮起了阵阵微风，级片粉红的花瓣随风摇曳，灰原不禁望着窗外，樱花的花瓣漫天飞舞，方圆成了花的海洋……
突然，电话响了，柯南拿出手机，说：“我是江户川。”对方说：“你这小鬼到底在哪儿鬼混啊！还不快回来！再不来就没你的份了！”
下集预告：fbi期待的party终于来临，cia的莱城、少年侦探团、fbi、毛利小五郎等人纷纷加入晚会。‘猎杀鸡尾酒’的组织行动后的无声杀气仍在延续！《七子之歌》悄然响起，黑暗组织的密报，更多关于神秘药物‘银色子弹’……下集《柯南》-《f&c&o1 》《江户川柯南失忆事件(上)》
